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PCR反應(yīng)primers design符合條件

日期:2025-01-08 01:46
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摘要: PCR反應(yīng)primers design這是重要的一步。理想的,只同目的序列兩側(cè)的單一序列而非其它序列退火的primer要符合下面一些條件: 1)足夠長(zhǎng),18~24bp,以保證特異性,當(dāng)然,不是說(shuō)越長(zhǎng)越好,太長(zhǎng)的primer同樣會(huì)降低特異性,并且降低產(chǎn)量; 2)GC%,40%~60%; 3)5'端和中間序列要多GC,以增加穩(wěn)定性; 4)避免3'端GCrich,個(gè)BASE不要有GC,或者5個(gè)有3個(gè)不要是GC。 5)避免3'端的互補(bǔ),否則,容易造成DIMER; 6)避免3'端的錯(cuò)配; 7)避免內(nèi)部形成二級(jí)結(jié)構(gòu); 8)附加序列(RT site...

PCR反應(yīng)primers design這是重要的一步。理想的,只同目的序列兩側(cè)的單一序列而非其它序列退火的primer要符合下面一些條件:

1)足夠長(zhǎng),18~24bp,以保證特異性,當(dāng)然,不是說(shuō)越長(zhǎng)越好,太長(zhǎng)的primer同樣會(huì)降低特異性,并且降低產(chǎn)量;

2)GC%,40%~60%;

3)5'端和中間序列要多GC,以增加穩(wěn)定性;

4)避免3'端GCrich,個(gè)BASE不要有GC,或者5個(gè)有3個(gè)不要是GC。

5)避免3'端的互補(bǔ),否則,容易造成DIMER;

6)避免3'端的錯(cuò)配;

7)避免內(nèi)部形成二級(jí)結(jié)構(gòu);

8)附加序列(RT site,Promoter sequence)加到5'端,在算Tm值時(shí)不算,但在檢測(cè)互補(bǔ)和二級(jí)結(jié)構(gòu)要加上它們;

9)使用兼并primer時(shí),要參考密碼子使用表,注意:生物偏好性,不要在3'端使用兼并primer,并使用較高的primer濃度(1μM~3μM);

10)學(xué)會(huì)使用一種design software,PP5,Oligo6,DNA star,Vector NTI,Online design et al。