通用原則：

1， 探針法熒光定量PCR試劑盒先選擇好探針，然后設(shè)計引物使其盡可能的靠近于探針。

2， 擴(kuò)增子的長度應(yīng)不超過400bp，理想的能在100－150bp內(nèi)，擴(kuò)增片斷約短，有效的擴(kuò)增反應(yīng)就越容易獲得。較短的擴(kuò)增片斷也容易保證分析的一致性

3， 保持GC含量在20％和80％之間，GC富含區(qū)容易產(chǎn)生非特異反應(yīng)，從而會導(dǎo)致擴(kuò)增效率的降低，及在SG分析中非特異信號。

4， 為了保證效率和重復(fù)性，應(yīng)避免重復(fù)的核苷酸序列，尤其是G（不能有4個連續(xù)的G）

5， 將引物和探針互相進(jìn)行配對檢測，以避免二聚體和發(fā)卡結(jié)構(gòu)的形成。

探針設(shè)計指導(dǎo):

1，在設(shè)計引物之前設(shè)計探針

2，探針的Tm值應(yīng)在68－70℃之間，如果是目測探針，則要仔細(xì)審查GC富含區(qū)。

3，探針的5’端要避免有鳥氨酸，5’G會有淬滅作用，即使被切割下來這種淬滅作用也還會存在

4，選擇C多于G的鏈作探針，G的含量多于C會降低反應(yīng)效率，這時就應(yīng)選擇配對的另一條鏈作為探針。

6， 探針應(yīng)盡可能的短，不要超過30個bp。

7， 檢測探針的DNA折疊和二級結(jié)構(gòu)。